Генеральная прокуратура Российской Федерации совместно с прокурорами 25 субъектов Российской Федерации проверила исполнение бюджетного и иного законодательства при реализации программ модернизации систем образования. Результаты проверок свидетельствуют о многочисленных нарушениях в деятельности региональных органов исполнительной власти, органов местного самоуправления, образовательных учреждений при осуществлении мероприятий по модернизации общего образования.
В нарушение Правил предоставления в 2011 - 2013 годах субсидий из федерального бюджета бюджетам субъектов Российской Федерации на модернизацию региональных систем общего образования, утвержденных Правительством Российской Федерации, при заключении с Минобрнауки России соглашений о предоставлении субсидии из федерального бюджета не все регионы выполнили условия о софинансировании мероприятий по модернизации общего образования. В 2013 г. министерство перечислило субсидии в Ставропольский край (549,5 млн. руб.), Воронежскую (371,6 млн. руб.), Самарскую (313,2 млн. руб.) области, Еврейскую автономную область (37,8 млн. руб.), несмотря на то что при заключении соглашений региональными бюджетами денежные средства на эти цели предусмотрены не были.
