Счетная палата РФ жестко раскритиковала Минобрнауки — по мнению аудиторов, российские вузы не смогут к 2020 году оказаться на вершинах мировых рейтингов, как того требует указ Владимира Путина. В палате утверждают, что министерство неэффективно тратит выделенные бюджетные средства: субсидии вузам выдаются непрозрачно и документы не проработаны. Досталось и университетам — аудиторы утверждают, что значительную часть денег, полученных на инновации, вузы потратили на зарплату. Минобрнауки не комментирует претензии Счетной палаты, а вузы утверждают, что аудиторы просто не понимают образовательной специфики.
В мае 2012 года президент Владимир Путин издал указ N599 "О мерах по реализации государственной политики в сфере образования и науки", где поставил задачу — "вхождение к 2020 году не менее пяти российских университетов в первую сотню ведущих мировых университетов согласно мировому рейтингу университетов". Ответственным за выполнение было назначено Минобрнауки, которое разработало для этого программу "5-100". Вузы, желающие получить дополнительное бюджетное финансирование, защищали перед специальной комиссией программы развития. В 2013 году было отобрано 15 университетов: МФТИ, МИФИ, МИСиС, ВШЭ и др. Первоначально им из госбюджета было выделено 42 млрд руб. на 2013-2016 годы, позже сумма была увеличена до 44,5 млрд руб. В октябре 2015 года в программу были отобраны еще шесть вузов (РУДН, Первый медицинский имени Сеченова, Балтийский федеральный университет и др.), после этого правительство постановило ежегодно выделять на проект 14,5 млрд руб. В ноябре 2015 года вице-премьер Ольга Голодец подвела промежуточные итоги выполнения программы: на заседании глава Минобрнауки Дмитрий Ливанов заявил, что российские вузы серьезно поднялись в рейтингах и значительно повысили качество работы.
Как оказалось, у Счетной палаты на этот счет прямо противоположное мнение — вчера ее глава Татьяна Голикова жестко предупредила Минобрнауки о "рисках невыполнения указа". Аудиторы заявили, что ни один из вузов, получивших субсидию в рамках проекта "5-100", пока не добрался до первой сотни рейтинга мировых университетов — а времени на это осталось не так много. Ведомство констатировало "ненадлежащий контроль и низкий уровень сопровождения программ со стороны Минобрнауки".
