О проекте Московская электронная школа много пишут, говорят, снимают. И, как у любого масштабного проекта, у МЭШ есть сторонники и оппоненты. Основная часть критики последних касается качества контента - загруженных учителями сценариев уроков, которые часто содержат предметные ошибки и лишены методики построения урока. В частности, делая подробный анализ в Фейсбуке  одного из сценариев урока по истории («Полицентризм на Руси»), учитель истории московской гимназии на Юго-Западе №1543 Леонид Кацва делает вывод: «Чему, кроме антиисторизма, можно так научить?».

По словам руководителя столичного Департамента образования Исаака Калины, он не может отвечать за наполнение электронной школы, потому что ее контент – это то, что создают сами учителя.

«Конечно, есть модерация, которую проводит городской методический центр, чтобы материалы не противоречили законам РФ. Но контент МЭШ – это создания самих учителей. И от их умения делиться с коллегами, от их умения выбирать материалы зависит то, как он будет выглядеть в будущем».